کی و جی دوباره به هم ملحق می‌شوند تا بهترین، آخرین و تنها خط دفاعی ما در برابر یک فریبنده شیطانی باشند که سخت‌ترین چالش را برای بیانیه مأموریت بی‌نقص MIB به وجود می‌آورد – محافظت از زمین در برابر زباله‌های جهان. چهار سال از زمانی که این مأموران جستجوگر بیگانه یک فاجعه بین کهکشانی با ابعاد حماسی را جلوگیری کردند، می‌گذرد. حالا این یک مسابقه با زمان است زیرا جی باید کی را متقاعد کند – که نه تنها هیچ خاطره‌ای از زمان خود با MIB ندارد، بلکه تنها فرد زنده‌ای است که تخصص لازم برای نجات کهکشان را دارد – تا قبل از اینکه زمین به نابودی نهایی تسلیم شود، دوباره با MIB ملحق شود.