داستان خدا ریشه‌های دین را بررسی می‌کند و به سه دین ابراهیمی می‌پردازد و باور به خدا را در عصر علمی بررسی می‌کند. این مجموعه شامل گفت‌وگو با دانشمندانی مانند دین هامِر، ریچارد داوکینز آتئیست و اعضای پروژهٔ سرن است.